全国共划为7个省，18个区和30个市。7省名称分别为：海岸（Litoral）、中南（Centro-Sur）、基埃－恩特姆（Kie-Ntem）、维勒－恩萨斯（Wele-Nzas）、北比奥科（Bioko Norte）、南比奥科（Bioko Sur）和安诺本（Annobón）。重要的城市有首都马拉博，卢巴，帕莱巴塔爱，埃维拉荣，坎贝比因，蒙戈莫等。首都马拉博，位于比奥科岛北部，南依巴希莱峰，北临几内亚湾。该市建于1827年，曾被英国人命名为克拉伦斯。西班牙人占领后将该市以西班牙女王伊萨贝尔二世的名字命名为圣伊萨贝尔。1968年10月赤道几内亚独立后，被定为首都，改称马拉博。于2011年6月启用的西波波（SIPOPO）新城，为非洲联盟第17届和23届首脑会议的举办地，成为赤几一处新的国际会议和旅游胜地。

第二首都巴塔，是赤道几内亚最大的商埠和经济重镇，位于赤几大陆地区西海岸。巴塔曾是黑奴交易中心，20世纪初还只是一个200多人的军事哨卡，后主要进行林业开发。巴塔的城市风貌保留着西班牙殖民时期政治和社会演变的痕迹。自由广场（旧称钟楼广场）是群众大型集会游行中心，周围是殖民时期旧建筑。广场中央矗立着推翻马西埃政权阵亡将士纪念碑，后面有巴塔中央大市场。​

赤道几内亚的经济以种植业为主，主要的出口产品是可可，其次为咖啡。该国长期以来被列入世界最不发达国家名单，但是1996年在赤道几内亚领海内发现了大量石油资源，此后该国经济快速增长，但是，绝大多数石油收入被政府要员及执政集团掌握，因此该国国民总体经济收入仍然处于贫困状态。​

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